Wydatki na modernizację budynku, które zwiększałyby wartość środka trwałego nie mogą zostać rozliczone w projekcie jednorazowo, a jedynie poprzez odpisy amortyzacyjne. Zgodnie z Przewodnikiem kwalifikowalności kosztów dla Działania 4.3 PO IR w kategorii koszty i budynki mamy dwa możliwe do rozliczenia w projekcie koszty: amortyzacja budynków oraz wydatki na adaptację powierzchni laboratoryjnej. Jeżeli modernizacja budynku zwiększy jego wartość początkową, wydatki z tym związane należy rozliczyć w ramach amortyzacji budynków, w proporcji odpowiadającej wykorzystywania budynku na cele projektowe. W przypadku wydatków związanych z adaptacją powierzchni laboratoryjnej, jednorazowo można rozliczyć wartość usługi, która nie zwiększa wartości początkowej środka trwałego.