Podatek od towarów i usług (VAT) może być wydatkiem kwalifikowalnym tylko wtedy, gdy nie podlega zwrotowi (nie jest możliwe jego odzyskanie przez Jednostkę MAB). VAT podlegający odzyskaniu w jakikolwiek sposób nie będzie kwalifikowalny, nawet jeśli nie został faktycznie odzyskany. Jednostka MAB deklaruje poprzez złożenie stosownego oświadczenia czy ma prawną możliwość odzyskania lub odliczenia poniesionego ostatecznie podatku VAT. Jednostka MAB jest zobowiązana do zwrotu sfinansowanego w ramach Projektu podatku VAT, jeżeli w okresie realizacji Projektu lub w okresie trwałości Projektu zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie lub odliczenie tego podatku przez Jednostkę lub inny podmiot. Ponadto Jednostka MAB jest zobowiązana do zwrotu podatku VAT, który uprzednio został nieprawidłowo określony jako niepodlegający odliczeniu lub zwrotowi i który został Jednostce MAB dofinansowany.
Podatek VAT może być kwalifikowalny jedynie dla części projektu. W takiej sytuacji Grantobiorca jest zobowiązany zapewnić przejrzysty system rozliczania projektu, tak aby nie było wątpliwości w jakiej części oraz w jakim zakresie VAT może być uznany za kwalifikowalny.
W przypadku kiedy nie jest możliwe odrębne określenie kwot podatku VAT związanych z czynnościami opodatkowanymi oraz nieopodatkownymi możliwe jest zastosowanie do rozliczeń wskaźnika proporcji o którym mowa w art. 90 ust. 1 i 2 ustawy VAT. Wskaźnik proprocji ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja.
Korekty rozliczeń związane ze zmianą wskaźnika proporcji podatku VAT powinny zostać zgłoszone do Fundacji niezwłocznie po zgłoszeniu korekty VAT za dany rok obrachunkowy do Urzędu Skarbowego. W przypadku korekty wskaźnika struktury podatku VAT dokonanej po zatwierdzeniu złożonych sprawozdań finansowych niezbędne jest dokonanie poprawy sprawozdań i zwrotu środków w zakresie niekwalifikowanej części podatku VAT.
